L'histoire se déroule environ deux ans après le Cyber ​​Citizen Shockman original . Arnold n'est plus étudiant et travaille comme cuisinier dans un restaurant local. Sonya reste étudiante. Depuis la chute du Dark Skull, Doc a constamment soupçonné qu'une autre invasion allait arriver, envoyant Arnold et Sonya à la recherche des nouveaux envahisseurs sans jamais rien trouver. Cependant, un jour, après l'enlèvement de Doc, Arnold et Sonya découvrent qu'un empire extraterrestre dirigé par Ryo envisage de conquérir le monde. De plus, deux autres méchants sont apparus avec des pouvoirs similaires à ceux d'Arnold et Sonya. Ce sont des Shockmen sombres nommés Jeeta et Mue. Arnold et Sonya doivent maintenant sauver Doc, empêcher Ryo de conquérir le monde et éviter d'être tués par Jeeta et Mue.